A certificação dos produtos de CJ é o processo pelo qual são estabelecidos padrões sobre o modo como esses bens são produzidos e vendidos. Quando os bens cumprem um conjunto de requisitos definidos são galardoados com um logótipo reconhecido internacionalmente e que é colocado directamente sobre o produto ou sobre a sua embalagem.

A FINE associa as quatro principais redes de organizações internacionais de CJ e preconiza um conjunto de critérios que são subscritos por grande parte das organizações de CJ. Uma destas redes de organizações, a FLO (Fairtrade Labelling Organizations International), desenvolve o sistema de certificação CJ adoptado pela grande maioria das organizações. Este sistema garante a sua credibilidade através de um processo democrático e transparente, da utilização de auditores autónomos na certificação e pela aplicação de rigorosos padrões sociais, económicos, ambientais e das condições de trabalho.

Deste modo, os consumidores ao escolherem um produto com um logótipo reconhecido de CJ sabe que na sua produção foram salvaguardados os direitos humanos e que esta se realizou através de um processo socialmente responsável, economicamente viável e que contribuiu para a conservação do ambiente.

Os padrões da FLO são revistos e actualizados regularmente e são aplicados e inspeccionados ao nível dos produtores e dos produtos.

Com os diversos critérios ambientais, que se dividem sempre em requisitos mínimos a cumprir e medidas a desenvolver, garante-se entre muitas outras situações que:

. áreas prioritárias de conservação são identificadas, incluindo áreas de protecção envolventes a fontes de recursos hídricos

. não ocorre a implementação de novas zonas de cultivo em áreas florestais virgens e promove-se a regeneração natural nas zonas cultivadas

. não ocorre exploração agrícola e de recursos silvestres em áreas protegidas e a exploração de recursos silvestres é realizada de um modo sustentável

. os agro-químicos de uma lista de produtos proibidos não são utilizados de nenhum modo e os agro-químicos permitidos estão sujeitos a normas de segurança e a objectivos de desincentivo à sua utilização

. os resíduos perigosos são manuseados e depositados em segurança e os resíduos orgânicos tratados de um modo sustentável, garantindo a protecção dos recursos hídricos, edáficos e a segurança alimentar

. fenómenos de erosão e de risco para os recursos hídricos são avaliados e os problemas identificados, monitorizados e geridos

. os sistemas agrícolas utilizados favorecem a fertilidade e a estrutura dos solos, através da rotação de culturas, técnicas de irrigação para minimização do consumo de água, etc.

. não se cultivam organismos geneticamente modificados, nem se utilizam produtos derivados destes e tomam-se medidas para evitar a contaminação das culturas de CJ.